防汛抗旱工作是社会公益性事业，国家防汛抗旱总指挥部各成员单位要围绕各个阶段的中心工作，按照统一部署和《防汛条例》的有关规定，根据分工，各司其职，各负其责，密切配合，共同搞好防汛抗旱工作。其职责分工如下：

       国家计委：协调安排防洪建设、修复水毁工程的资金和计划内物资；
       经贸委：协调安排抗洪抗旱救灾资金和物资；
       水利部：负责防洪排涝抗旱工程的行业管理，提供雨情、水情、旱情、洪水预报。负责所辖防洪工程（含重点防洪城市）的运行安全、组织防洪抢险工作及水毁防洪工程的修复；
       公安部：负责维护防汛抢险秩序和灾区社会治安工作，防汛紧急期间协助防汛部门组织群众撤离和转移。打击偷窃防汛抗旱物料、破坏防洪与灌溉工程设施的犯罪分子，做好防汛抗旱的治安保卫工作；
       民政部：对国家防总办公室提出的防汛抗旱经费分配方案，与国家防总办公室协商确定后及时下拨并监督使用；
       地矿部：负责对重大的山体滑坡、崩塌、地面塌陷、泥石流等地质灾害的监测、勘察和预防工作（水库库区地质灾害的监测、勘察和预防工作，由水库主管部门负责）；
       建设部：负责监督、检查分管的城市防洪工程的安全运行和城区排涝；
       电力部：负责所辖水电站的运行安全和防汛指挥部门防洪调度命令的实施。保障防汛抢险、排涝、抗旱、救灾的电力供应；
       铁道部：负责所辖工程及设施的防洪安全。优先运送防汛抢险、防疫、抗旱人员和物资、设备；
       交通部：负责所辖水运和公路交通设施、工程、装备的防洪安全。汛期督促船舶航行服从防洪安全要求，配合水利部门做好汛期通航河道的堤岸保护。优先运送防汛抢险、防疫、抗旱人员和物资、设备。为紧急抢险和撤离人员及时组织提供所需车辆、船舶等运输工具；
       邮电部：负责所辖邮电设施的防洪安全，优先传递防汛抗旱通信信息；
       农业部：掌握农业洪涝旱受灾情况，负责洪涝旱灾后农业救灾、生产恢复及农垦系统、乡镇企业的防洪安全；
       林业部：协调防汛木材的供应，组织做好林区防汛工作和汛期漂木的管理工作；
       国内贸易部：负责防汛抗洪、抢险、抗旱、救灾的物资调拨、供应和必要的储备；
       广播电影电视部：负责组织广播电视的防汛抗旱宣传工作；
       卫生部：负责组织灾区卫生防疫的医疗救护工作；
       民航局：负责所辖机场及设施的防洪安全。优先运送防汛、防疫、抗旱人员和物资、设备。为紧急抢险和人员撤离及时提供所需飞机；
       气象局：负责监测天气形势，及时提供天气预报；
       石油天然气总公司：负责所辖油田和设施的防洪保安工作；
       石化总公司：负责防汛抗旱油料的及时供应；
       人民解放军和武装警察部队，根据汛情需要，担负抗洪抢险、营救群众、转移物资、抗旱救灾及执行重大防洪抗旱措施的任务。